Cho đến nay, chùa Phú Long đã trải qua bảy đời sư trụ trì với ba lần trùng tu lớn vào các năm 1945, 1954, 1998. Tuy vậy, chùa vẫn giữ được những nét kiến trúc của ngôi chùa Phật giáo cổ ở vùng đất Nam bộ.

Kiến trúc chùa kiểu tứ trụ, mái ngói âm dương, các vì kèo, cột đều bằng gỗ, gồm: chính điện, tổ đường, tằng đường, trai đường. Mỗi nơi đều có những dấu ấn nghệ thuật độc đáo thể hiện qua đường nét chạm trổ khéo léo trên các pho tượng, các bức hoành phi… cho khách chiêm ngưỡng.

Chùa đang lưu giữ 53 cổ vật bằng gỗ quý (38 bức tượng, 6 bức hoành phi, 9 đôi liễn đối) và nhiều vị Phật được tạc bằng đá trắng trong các lần trùng tu chùa.

Điện Phật được bài trí trang nghiêm. Chính giữa thờ tượng Di Dà Tam Tôn. Chùa còn giữ được nhiều pho tượng cổ như tượng Bồ tát Chuẩn Đề, tượng Thập Điện Minh Vương, tượng Giám Trai, bộ sám bài tượng Phật và tứ Bồ tát...